《密秘研究所》讲述了一个单身男子阿宅与一位美少女搜子同居的故事。阿宅是一个普通的上班族,他一直过着平凡的生活。有一天,他收到了一封来自搜子的信,说她要搬来和他同住。阿宅虽然有些惊讶,但还是答应了。
搜子是一个非常美丽可爱的女孩,她すぐに阿宅的生活带来了许多欢乐。她不仅会做饭、打扫卫生,还会在阿宅下班后给他按摩。阿宅渐渐地喜欢上了搜子,但他也知道,他们之间的关系是不被世俗所接受的。
一天,阿宅在上班时偶然看到了搜子与另一个男人在一起。他感到非常伤心,便决定向搜子分手。搜子也理解阿宅的感受,她决定搬走。阿宅虽然很舍不得搜子,但他也知道,他们之间的关系已经走到了尽头。